Audit Dalam ditubuhkan sebagai satu Bahagian di Pejabat Setiausaha Kewangan Negeri pada Jun 1995 dan mula beroperasi pada bulan Jun 1996.  Bahagian itu diketuai oleh seorang Pengarah Audit Dalam. Pada 25 Ogos 2000, Bahagian itu telah dipindah ke Jabatan Ketua Menteri (JKM) dan dinamakan semula sebagai Unit Audit Dalam (UAD).  

Pengarah Audit Dalam melapor terus kepada Setiausaha Kerajaan Negeri dan ini jelas mempertingkatkan lagi kebebasan beliau dalam melaksanakan tugasnya.

Pengarah Audit Dalam diberi kuasa oleh Setiausaha Kerajaan Negeri untuk mengakses secara bebas segala rekod dan harta benda Kementerian, Jabatan, Badan Berkanun Negeri dan Pihak Berkuasa Tempatan untuk melaksanakan kewajipannya dengan lancar.  Surat Pekeliling (Perj. Bil. 4/2003) bertarikh 5 Februari 2003 adalah berkaitan.